Từ năm 1925 đến 1928, chế độ mới được hình thành. Vào thời điểm này, Mông Cổ là nơi lạc hậu nhất tại chậu Á, đi sau phần còn lại của thế giới tới khoảng 200 năm. Công nghiệp không tồn tại và sự thịnh vượng do giới quý tộc và tăng lữ kiểm soát. Dân số ít hơn một triệu người và suy giảm do gần một nửa số đàn ông sống trong các tu viện Phật giáo. Năm 1928, Stalin ra lệnh tập thể hóa ngành nông nghiệp của Mông Cổ. Chính sách này dẫn đến các vấn đề trong nền kinh tế và giao thông vận tải, và nghiêm trọng hơn là đã xảy ra các cuộc nổi dậy ở phía tây và nam và chỉ có thể được dập tắt với sự trợ giúp của Hồng quân Liên Xô.[cần dẫn nguồn] Năm 1934, Pejidiin Genden viếng thăm Moskva và giận dữ kết tội Stalin là "đế quốc đỏ". Sau đó, ông đã chết trong Đại thanh trừng sau khi bị lừa đi nghỉ ở Hắc Hải. Sau năm 1932, người ta đã thu nhỏ quy mô thi hành nền kinh tế tập trung. Năm 1936, Stalin đã ra lệnh trừ khử các tổ chức Phật giáo tại Mông Cổ. Trong khi đó, cuộc xâm lược của người Nhật ở Mãn Châu là một biến cố khơi mào cho việc Liên Xô đưa các đội quân đến Mông Cổ. Đồng thời cuộc Đại thanh trừng đã ập đến Mông Cổ. Trong số những người bị giết chết có những nhân vật nổi bật như Peljidiin Genden, Anandyn Amar, Demid, và Losol. Sau khi loại bỏ Genden khỏi quyền lực, Khorloogiin Choibalsan, một người tin theo Joseph Stalin, đã lên nắm quyền. Các cuộc thành trừng đã loại bỏ gần như hoàn toàn Phật giáo Tây Tạng tại Mông Cổ, và dẫn đến việc mất đi 30.000-35.000 mạng sống,[3] tương đương 5% dân số Mông Cổ.